男性陰茎の病気は、尿路感染症、包茎（真性包茎、仮性包茎）、陰茎骨折、勃起不全などがあります。
尿路感染症
男性は、女性に比べて陰茎のぶんだけ尿道が長く（一般的に男性は十数 cmで、女性は4 cm前後である）、また肛門から外尿道口が離れているため、女性に比較して尿路感染症にかかりにくい。しかし、高齢になると、男性も前立腺肥大のため膀胱に尿が貯留する傾向となるため尿路感染症にかかりやすくなる。
包茎
いわゆる仮性は包皮に余裕があり、勃起時には外部からの軽い力で容易に反転する。単に勃起するだけでも反転する場合もある。 真性包茎は包皮に余裕がなく、途中で引っ掛かってしまう。無理にひっぱっると、包皮が突っ張り痛みを生じる。極度の包茎では、単に勃起するだけでも包皮が無理に引き伸ばされ、痛みを生じる。
器官の発生過程において、亀頭と包皮は表皮が繋がっており、発育と共に亀頭と包皮は分離する。分離がすべて終わって、包皮を反転し亀頭を全露出することが可能になる時期は、誕生期から思春期の終わりまで、個体によって非常に大きな差がある。ヒトにおいて統計的には、半数が約10歳までに包皮を反転可能になり、残り半数は思春期の終わりまでに反転可能になることが知られている。（割礼を参照）
ヒト成人の亀頭を包む包皮が、勃起時に容易に亀頭の根元まで反転できない場合を包茎 (phimosis・特に真性包茎とも) と言う。それ自体は病気ではなく、感染症による亀頭と包皮の癒着や、無理な力で反転された包皮の傷跡の硬化などによる、一種の後遺症と考えられている。ただし動物（哺乳類）の多くでは、亀頭部分を保護する目的から、包茎ないし表皮の下に埋もれている事が常態で、勃起時にのみ突出する。シロナガスクジラの陰茎は最大で約3mの長さを持つが、これは通常の遊泳時にはS字型に表皮下に収納されており、外部に露出していない。このため性器の問題として「包茎」という場合には、主にヒト陰茎の状態を指し、それ以外の動物生殖器に関しては、余り意識して同語は用いられない。
このヒト陰茎に於いて手で容易に剥いたり戻したり出来る場合は仮性包茎といい、日本の成人では60%程度が同種の状態であるといわれている。性交するという機能面では問題とまではされないものの、不潔だとするイメージも聞かれ、当人の劣等感の元となるケースが見られる。成人の包茎（真性包茎）人口割合は約1%から2%と推定されている。どちらも基本的に勃起の妨げに成らないのであれば機能上に於いて問題無い（女性を妊娠させる事が可能）と言えるが、真性包茎の極端なケースでは、亀頭との癒着部分や先端部が無理に伸ばされる事によって、勃起時に激しく痛みを訴える人もいる。
またこの真性包茎を無理な力で包皮を反転して亀頭を露出させてしまい包皮が元に戻らなくなった状態を、嵌頓包茎（かんとんほうけい）と言う。嵌頓包茎は亀頭を鬱血させ壊死させる恐れがあるため、緊急に処置する必要がある。このように勃起するという陰茎の機能面で問題が出るケースでは、日本では外科的措置を受ける場合に於いて健康保険適用対象である。
伸張性に余裕の無い包皮先端に環状に皮膚静脈が圧迫される
因みに、陰茎の非勃起時に包皮が剥けても、勃起時に剥けなくなるのは包皮輪狭窄といい、嵌頓包茎とは言わないので注意が必要である。また、包皮輪狭窄は自分で包皮を広げる練習をしていれば直るので、通常の場合、手術などは必要ない。この場合、多くは真性包茎という扱いになる。
仮性包茎
包茎ではない正常な陰茎でも非勃起時にはふつう包皮に覆われるが、これは包茎とは別のもので、仮性包茎と呼ばれる。「仮性」は医学で使われる言葉で、ある病気・症状に似ているが起因が別であるものに付けられ、一方の真性は真症のものに付けられる言葉である。機能的には全く問題が無いことから、泌尿器科医の石川英二によれば日本以外では「仮性包茎」という認識自体が存在していないという[3]。
しかし、現時点で日本国内においてこの認識は浸透しているといいがたい。「仮性」「真性」という言葉の語感からか、むしろ「仮性包茎は真性包茎と同じく異常だが、日常生活の上では問題がない程度の病状」という誤った認識が半ば常識化しているという現状がある。こうした現状を包茎手術を行う医療機関が煽っているという指摘もある（後述）。
なお、仮性包茎の男性は性交の場において女性から侮蔑されるとの俗説がある。そのためか、「包茎」は相手の男性を女性経験に乏しいものと決め付ける罵倒語として使われることがある。しかし、女性によっては「可愛い」と思われたりすることもある。多くの場合女性は拘らないようだ。
包茎コンプレックス
包茎ないし仮性包茎に関しては、一種の劣等感が存在する。こういった劣等感は陰茎自体の病気とは異なるが、これの矯正などといった業態の存在にも絡み、様々な問題を内包している。
容易に手で戻せる仮性包茎や、勃起自体には何等支障のない真性包茎の場合は、陰茎の機能を何等妨げる物では無いため、医学的にも無理に強制する必要も認められないという理由から、美容外科（美容整形）と同様に健康保険は適用されない自由治療となる。どうしても機能面で気になる場合は、きちんとした泌尿器科で相談すべきだといえよう。なお広告などで包茎（仮性包茎を含む）治療を謳っているクリニックの多くは、美容外科の一種でコンプレックス産業的な業態であるが、中には誤った情報を与えて劣等感や恐怖心を助長する悪徳商法も報告されている。詳しくは包茎手術商法を参照のこと。
なお真性包茎は包皮輪を広げることにより治療できる。ステロイド剤治療などが有効で、米国では約9割程度が同療法による効果が報告されている。
皮膚に癖をつけるため、パンツにリングがついている物や、そのままカリ下にリングをつける物、シールのような物が仮性包茎を治す道具として売られている。また、「情報」が売られていることもある。
民間療法の範疇としては、インターネット上を含め玉石混交で様々な情報が流布されている。湯船の中で行う方法では、包皮が亀頭にかぶった状態での先端部分の輪ゴムのように締まっている部分を暖めながらゆっくりと引っ張り、広げ皮を剥いた状態で締め付けたような感じが無くなるまで広げるなどという方法である。また、仮性包茎は皮を剥いた状態を維持していると治るなどという説も見られ、トイレに行った際こまめに皮を剥く癖をつけるのが一番簡単な方法であるほか、女性が髪をまとめるのに使う緩衝材のついた「ボアゴム」と呼ばれる物のサイズを調節し使う・突き指等をした時に使う医療用テープを貼る（貼り方によって重度、軽度すべてに対応できる）・輪ゴムで無理矢理皮が戻るのを防ぐ等があるが、輪ゴムは特に亀頭を壊死させる可能性が高く、やってはいけない。ボアゴムにしても、絶対に勃起したときでも余裕が持てるようなサイズにしておく必要がある。医療用テープは壊死させるおそれはないが、剥がすときはできるだけゆっくりと行うべきである。水に濡らして石鹸で洗い落とすのが望ましい。
どの場合にも言えることだが、これら民間療法は効果が保証されておらず負傷の危険性を含め自己責任である。亀頭の色が変わる・痛みがある等の症状が見られた場合は、すぐに中止して病院にいくべきだといえよう。包茎手術商法にまつわるトラブル同様、矯正リングなどによる負傷やかぶれ等といった話もインターネット上に見られる。
陰茎骨折（陰茎折症）
性交中などに勃起状態の陰茎に無理な力が加わると、海綿体を包んでいる白膜が切断して陰茎が折れ曲がってしまう事があり、激しい痛みと内出血を伴う。もちろんヒトの陰茎に骨は無いが、医学的にも「骨折」と呼称されている。
勃起不全
ドイツ語でインポテンツ（Impotenz インポ）。近年ではED (erectile dysfunction) とも呼ばれる。陰茎の勃起は、副交感神経に依存しており、末梢神経障害、心因性、脊髄損傷などで十分な勃起が起きなくなることがある。この勃起機能の低下を勃起不全という。ストレスなどで一時的に陥ることもあり、また糖尿病など特定の病気によってや、年齢を重ねるに従い勃起不全となる率も高くなる。40歳を過ぎると半数以上が勃起不全になると推定されている。また、まれに性的なことで勃起せず、それ以外の刺激で勃起する者もいるが、原因不明で、まれに見られることがある。
